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5’ DNA Adenylation Kit

5’ DNA Adenylation Kit (訂貨以英文為準(zhǔn))

編號:BYTR0716S
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BYTR0716S 碧云天 10次 ¥371.00
產(chǎn)品名稱 5’ DNA Adenylation Kit
中文名稱 5’ DNA Adenylation Kit

碧云天生產(chǎn)的5'DNA Adenylation Kit,即5’DNA腺苷酰化試劑盒,是一種非常便捷和高效的通過酶學(xué)方法將單鏈DNA (ssDNA) 5’端腺苷?;揎椀脑噭┖小?

本試劑盒制備產(chǎn)生的5’端腺苷?;揎椀膯捂淒NA,常用于miRNA等3’端為羥基的RNA或3’端為羥基的單鏈DNA在克隆、高通量測序建庫或PCR檢測等時,在3’端添加的接頭。

本試劑盒進(jìn)行腺苷?;揎椃磻?yīng)時,需要腺苷酰化酶(Adenylase)、ATP和待腺苷?;揎椀?’端磷酸化的單鏈DNA。

本試劑盒腺苷?;揎椥矢?,通??梢赃_(dá)到95%以上。對5’端磷酸化的單鏈DNA進(jìn)行腺苷?;揎椃磻?yīng)時,無論該單鏈DNA的3’端是否進(jìn)行了氨基化等封閉都可以得到高產(chǎn)量的腺苷?;a(chǎn)物。通常本試劑盒能將95%以上的5’端磷酸化的DNA (pDNA)轉(zhuǎn)化成腺苷?;疍NA (AppDNA),因此腺苷?;漠a(chǎn)物通常不需要進(jìn)行電泳切膠回收,可以直接通常乙醇沉淀進(jìn)行進(jìn)一步濃縮后用于后續(xù)的連接反應(yīng)。

本產(chǎn)品以5’端磷酸化的單鏈DNA為底物,腺苷?;笇TP分解成AMP和PPi,AMP轉(zhuǎn)移到單鏈DNA的5’磷酸基團(tuán)上,形成腺苷?;瘑捂淒NA,從而制備出腺苷酰化接頭(linker)。

本試劑盒催化5’端磷酸化單鏈DNA生成5’端腺苷酰化修飾單鏈DNA的效果參見圖1。

圖1. 使用碧云天生產(chǎn)的5’ DNA Adenylation Kit制備5’端腺苷?;揎梿捂淒NA的效果圖。反應(yīng)體系為20μl,單鏈DNA的終濃度為5μM,反應(yīng)條件為65oC分別孵育15、30、45、60和90min,反應(yīng)完畢后85℃孵育5min終止反應(yīng)。電泳上樣前95℃孵育5min隨后置于冰浴以充分變性,尿素(7M)變性聚丙烯酰胺凝膠(15%)進(jìn)行凝膠電泳分析。如圖所示,本試劑盒在15min內(nèi)就可以將大部分5’端磷酸化單鏈DNA (pDNA)催化生成腺苷酰化的單鏈DNA (AppDNA),孵育60min可以確保將95%以上的底物轉(zhuǎn)化成腺苷酰化修飾的單鏈DNA。

本產(chǎn)品也可以用于5’端磷酸化的單鏈RNA的5’端腺苷?;揎?,可根據(jù)具體應(yīng)用選擇合適的實(shí)驗(yàn)步驟,同時需要額外準(zhǔn)備R0102 RNase InhibitorR0021 DEPC水等。

本產(chǎn)品包含的Adenylase來源為嗜熱古細(xì)菌,在大腸桿菌中進(jìn)行表達(dá)而獲得。

優(yōu)點(diǎn):單步反應(yīng)即可完成5’端磷酸化修飾的單鏈DNA或RNA的腺苷酰化修飾,與傳統(tǒng)的化學(xué)方法相比較,更加簡便;對于底物轉(zhuǎn)化效率高達(dá)95%以上,無需切膠純化僅需酒精沉淀等即可用于后續(xù)反應(yīng);在65℃這樣一個較高的溫度反應(yīng),可以有效避免二級結(jié)構(gòu)對于5’端腺苷酰化修飾反應(yīng)的干擾;適用于pmol級別底物量的反應(yīng)體系,也可以很方便地放大至μmol級別底物量的反應(yīng)體系。

包裝清單:
產(chǎn)品編號 產(chǎn)品名稱 包裝
R0716S-1 Adenylase 20μl
R0716S-2 10X Adenylation Reaction Buffer 25μl
R0716S-3 ATP (1mM) 25μl
說明書 1份

產(chǎn)品編號 產(chǎn)品名稱 包裝
R0716M-1 Adenylase 100μl
R0716M-2 10X Adenylation Reaction Buffer 125μl
R0716M-3 ATP (1mM) 125μl
說明書 1份
保存條件:

-20℃保存,至少一年有效。

注意事項(xiàng):

底物單鏈DNA或單鏈RNA的5’端磷酸化是必須的,3’端可以進(jìn)行氨基化等封閉,也可以不封閉。

本試劑盒提供的腺苷?;磻?yīng)體系可以按比例放大反應(yīng)體系,對腺苷?;a(chǎn)物的得率無顯著影響。

本試劑盒提供的Adenylase的最佳反應(yīng)溫度為65℃,并且在25℃時會出現(xiàn)去腺苷?;F(xiàn)象,因此反應(yīng)完成后推薦在85℃孵育5min以失活A(yù)denylase。如果沒有失活A(yù)denylase,后續(xù)經(jīng)歷室溫溫度條件時,會導(dǎo)致腺苷?;嚷氏陆怠?/p>

本產(chǎn)品僅限于專業(yè)人員的科學(xué)研究用,不得用于臨床診斷或治療,不得用于食品或藥品,不得存放于普通住宅內(nèi)。

為了您的安全和健康,請穿實(shí)驗(yàn)服并戴一次性手套操作。

使用說明:

磷酸化的ssDNA序列 5’端腺苷?;?/b>

1.解凍5’端腺苷酰化修飾反應(yīng)所需的各種試劑,將Adenylase置于冰浴上或冰盒內(nèi)。

2.參考下表在冰浴中配制如下反應(yīng)體系:

Reagent Volume Final Concentration
Water (DNase free or DEPC-treated) 13μl -
ssDNA or ssRNA (100μM) 1μl 5μM
10X Adenylation Reaction Buffer 2μl 1X
ATP (1mM) 2μl 0.1mM
Adenylase 2μl -
Total Volume 20μl -
注意:
a.如果同時進(jìn)行多個連接反應(yīng),可以把上表中除Nicked dsRNA Substrate之外的所有溶液和酶提前預(yù)混合,然后再分裝到各反應(yīng)管內(nèi)。
b.如果涉及RNA操作,需要嚴(yán)格按照RNA操作的規(guī)范進(jìn)行,避免RNase污染,相關(guān)試劑和耗材需要經(jīng)過DECP處理去除RNase或者確保是RNase free的。如果涉及單鏈RNA,推薦適量添加R0102 RNase Inhibitor
3.腺苷?;磻?yīng):65℃孵育1h。個別情況為了使連接反應(yīng)更加充分,可以適當(dāng)延長反應(yīng)時間。
4.終止反應(yīng):85℃孵育5min。
5.腺苷酰化產(chǎn)物的電泳鑒定:電泳上樣前95℃孵育5min隨后置于冰浴,以充分變性。尿素(7M)變性聚丙烯酰胺凝膠(15%)進(jìn)行凝膠電泳分析。腺苷?;揎椇蠓肿恿繒兇笠稽c(diǎn)(參考圖1)。
6.濃縮及后續(xù)用途:可以采用常規(guī)的乙醇沉淀方法進(jìn)行濃縮,后續(xù)可以使用T4 RNA Ligase2, truncated (200U/μl)等用于和小RNA等的3’羥基的連接反應(yīng)。
常見問題:
1.腺苷?;磻?yīng)不完全或反應(yīng)產(chǎn)物非常少。
a.用于制備腺苷酰化接頭時出現(xiàn)反應(yīng)不完全的情況,建議可適當(dāng)延長反應(yīng)時間至2h甚至過夜。
b.在不改變底物量的前提下適當(dāng)增加酶量,或在不改變酶量的前提下適當(dāng)減少底物量。
c.當(dāng)?shù)孜餅閟sRNA時,可能會出現(xiàn)ssRNA降解的情況,建議使用RNase Free的水及耗材。
d.電泳條帶不清晰或彌散,建議用尿素(7M)變性聚丙烯酰胺 (15%)凝膠;當(dāng)?shù)孜餅閟sDNA時,建議電泳條件為180V,50-60min;當(dāng)?shù)孜餅閟sRNA時,建議電泳條件為50-60V,20-30min;若上樣前用電泳液沖洗上樣孔中的尿素,會得到更理想的電泳條帶。
e.放大體系在65℃水浴鍋中進(jìn)行反應(yīng)時,反應(yīng)進(jìn)行1h或更長時間時,會明顯觀察到有白色沉淀出現(xiàn),這是Adenylase沉淀所致,這時通常底物已反應(yīng)完全,所以酶的析出不會對產(chǎn)物的得率產(chǎn)生顯著影響。
相關(guān)產(chǎn)品:
產(chǎn)品編號 產(chǎn)品名稱 包裝
R0021 DEPC水(DNase、RNase free) 100ml
R0022 DEPC水(DNase、RNase free) 500ml
R0051 Annealing Buffer for RNA Oligos (5X) 1ml
R0056-2ml PEG8000 (50%, RNase free)) 2ml
R0058-1ml MgCl2 (100mM, DEPC-treated) 1ml
R0102-2kU RNase Inhibitor 2000U
R0102-10kU RNase Inhibitor 10000U
R0102-50kU RNase Inhibitor 50000U
R0123 RNase and DNase Away 250ml
R0125 RNase, DNase and DNA Away 250ml
R0127 RNase, DNase, RNA and DNA Away 250ml
R0621S T4 RNA Ligase 1 (ssRNA Ligase, 10U/μl) 1000U
R0621M T4 RNA Ligase 1 (ssRNA Ligase, 10U/μl) 5000U
R0632S T4 RNA Ligase 2 (dsRNA Ligase) 1000U
R0635S T4 RNA Ligase 2, truncated 5kU
R0635M T4 RNA Ligase 2, truncated 20kU
R0635L T4 RNA Ligase 2, truncated 100kU
R0700S 小RNA 3’接頭(5’腺苷化, 3’封閉)及連接試劑盒 20次
R0702S Universal miRNA Cloning Linker (5′腺苷化3′封閉) 1μg
R0702M Universal miRNA Cloning Linker (5′腺苷化3′封閉) 5μg
R0716S 5’ DNA Adenylation Kit 10次
R0716M 5’ DNA Adenylation Kit 50次
ST1249-2ml DEPC (≥97%, Reagent grade) 2ml
ST1249-10ml DEPC (≥97%, Reagent grade) 10ml
ST036 DEPC 10g
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相關(guān)產(chǎn)品